土地整理专项规划虽然不是国家投资土地整理项目运作的阶段，但是它是地方申报国家投资土地整理项目的必要条件。土地整理专项规划是在土地整理潜力分析的基础上，通过对潜力区土地利用适宜性评价，根据土地利用总体规划的要求，进行土地整理分区，确定土地开发整理区类型和开发整理时序，评价土地整理效益，并提出具体的实施措施。土地整理专项规划应该初步提供土地整理项目预备库，明确预备库中各个项目的整理性质、整理规模、主体工程和投资规模，作为县市级单位筛选、申报土地整理项目的基础。

具体到国家投资土地整理项目的运作，可以分为如下几个阶段：

第一， 项目可行性研究阶段。

项目可行性研究主要是针对具体项目的可行性进行技术经济论证。可研阶段要对项目区进行土地整理潜力分析、土地适应性评价、水资源供需平衡分析，初步提出土地利用布局、工程布置方案和工程设计标准，并做出项目投资估算；分析项目本身存在的各种不确定性和风险，并提出相应的解决对策；对项目建设的社会、生态和经济效益进行客观评价；提出土地权属调整方案和项目实施措施。
土地整理具有很强的政策性，不同类型和性质的土地整理项目有不同的耕地增加潜力、面积和片区划分要求。对于申请国家投资的土地整理项目可行性研究报告在上报国土资源部的时候，必须有附有项目建议书、省级土地行政管理部门的项目申请书和对可研的审查意见、土地利用总体规划和土地整理专项规划以及相关批件。

第二， 规划设计阶段。

只有项目在技术经济可行的前提下才能够进行规划设计。本阶段要求对项目本身做出具体的土地利用规划方案、工程布置方案、工程设计标准、权属调整方案、投资预算、工程进度计划和项目的组织、实施和管理方案。规划设计阶段的成果主要包括：项目规划文本和说明书、工程设计说明书和设计图册、项目预算书和预算说明。

第三， 实施前准备阶段。

主要任务就是建立项目实施的领导和协调结构，做好项目建设的宣传和动员工作，建立项目资金的"三专"（专款、专账和专户）管理制度，组织项目工程招投标，组织落实工程监理，落实施工队伍，进行工程施工图设计。

第四， 实施阶段。

施工单位根据施工设计图，在工程监理单位的监督和管理下，按照工程质量标准和工程进度安排进行施工。

第五， 竣工验收和后评价阶段。

竣工验收是对竣工项目的完成情况及效果的全面验收，在内容和范围上都要广于年度验收，是项目验收的最后验收。一般而言，国家投资的土地整理项目的竣工验收由国土资源部负责组织。验收内容主要包括项目区位置、工程任务完成情况、开发整理后各农用地质量和面积、开发整理效益、资金使用、土地权属状况、项目区工程设施管护措施和项目档案材料管理等。
由于土地开发整理项目的部分工程内容和指标不可能在竣工验收阶段完全体现出来，需要进行项目的后评价。后评价阶段主要是针对项目区的土地质量、开发整理效益、土地权属状况进行评价。此外，还要总结项目实施和管理过程中的经验和教训，发现存在的问题，探讨解决的对策，用以对现有政策进行修订或者为相关土地整理项目提供借鉴和参考。