基于农业目的的土地整理和基于非农目的的土地整理在程序上基本相似，主要差异在于项目是否实施的决定阶段。由于许多复杂问题的存在以及需要大量资金的原因，土地整理通常需要几年的时间。

　　土地整理的程序一般分为三个阶段，即启动阶段、准备阶段和实施阶段，每个阶段又分为若干步骤。

　　1、启动阶段
　　启动阶段始于向农业部提出申请，到为准备阶段提出项目计划结束。

　　2、准备阶段
　　土地整理委员会被指定负责项目的准备工作。准备工作分为分阶段准备和简单准备。分阶段准备包括两个步骤--制定计划和规划，尤其适合于问题特别复杂的项目区。简单准备阶段仅包含一个步骤--制定规划。

　　在分阶段准备中，土地整理计划的制定应包含土地整理的主要特征。根据计划，决定土地整理工程是否实施。
简单准备阶段仅仅包含土地整理规划的制定，并以此为基础，决定是否实施土地整理。
　　基于非农目的的土地整理由省政府做出决定。基于农业目的的土地整理，则由土地所有者和使用者投票做出决定。只有做出决定后，规划才能付诸实施。

　　3、实施阶段
　　实施阶段也包括土地重新分配、划界规划、土地所有权分配、公共用地的管理与维护等。在某些情况下，一些步骤可以省略。基于农业目的的土地整理项目区的土地通过合并然后再划分。基于非农目的的土地整理项目区的土地也许全部、部分或根本不重新分配。